Apparue le 17 novembre 2019 à Wuhan, en Chine centrale, chez des personnes travaillant au marché de gros fruits de mer, elle a ensuite été déclarée pandémie par l’OMS le 11 mars 2020. La souche responsable fait partie de la famille des Coronavirus et porte l’appellation de SARS-COV-2. La pandémie est dénommée COVID pour CO-rona VI-rus D-isease.
Le Prince Albert Victor dit Eddy (1864-1892), petit-fils de la Reine Victoria, est décédé au cours de l'épidémie de grippe russe de 1890. Ce diagnostic a été revu récemment et celui de Covid a été proposé par The Guardian. Ainsi, l’histoire du Covid pourrait remonter à 1891, lorsque « la grande pandémie de grippe russe » (avec qui elle présente des analogies), a fait plus d’un million de victimes. Par leurs proximités génétiques, les virus de la grippe et du Covid auraient alors un ancêtre commun vieux de 130 ans.
Les virus sont des microbes, comme les bactéries. Ils sont composés d'une ou de plusieurs molécules d’ADN ou d’ARN, simple ou double brin, inclus dans une coque de protéines (capside), voire d'une enveloppe de lipides. Contrairement aux bactéries, ils doivent pénétrer à l’intérieur d’une cellule, s’y intégrer et subsister, soit sous forme quiescente soit se multiplier en s’insérant dans ses chromosomes et en parasitant le métabolisme de l’hôte. Chaque virus rentre dans ses cellules cibles en utilisant un récepteur à la surface de celles-ci grâce à une protéine que le virus exprime à sa surface.
La protéine S, à la surface du virus, lui permet d’entrer dans les cellules en interagissant avec une protéine cellulaire membranaire, le récepteur ACE2. L’interaction du virus avec son récepteur déclenche un mécanisme par lequel le virus est progressivement internalisé par la membrane de la cellule, qui finit par former une vacuole, appelée endosome, contenant le virus et se retrouvant à l’intérieur de la cellule. L’endosome libère ensuite l’ARN du virus dans le cytoplasme (espace intérieur) de la cellule infectée. Alors commence le cycle de traduction en protéines et de réplication en vue de la production de nouvelles particules virales qui seront excrétées de la cellule infectée.
Les bactéries sont dotées d’une membrane cellulaire et de matériel génétique de type DNA (RNA pour les virus), elles ont leur métabolisme propre, les possibilités de se reproduire, de tirer leur énergie de l’environnement et ainsi de posséder une certaine autonomie, ce que les virus n’ont pas.
Le microscope électronique a été inventé en 1931. Il utilise un faisceau d'électrons (plutôt que les photons de la lumière visible pour le microscope optique) pour illuminer l’échantillon et en créer une image très agrandie allant jusqu'à 5 millions (2.000 fois pour les meilleurs microscopes optiques).
Le SARS-COV-2 possède une seule chaîne d’ARN composée de 30.000 bases avec une nucléocapside. Sa membrane est surmontée de protéines en forme de massue (« Spike proteins ») qui lui permettent de s’attacher à des cellules cibles. Il fait ainsi partie des virus à couronne. Lors de la contamination par le SARS-COV-2, le virus se multiplie rapidement et il déclenche une réaction inflammatoire importante dans la semaine qui suit son acquisition. Le SARS-COV-2 possède un tropisme particulier pour les voies respiratoires.
L’extérieur du virus est composé d’une membrane lipidique protectrice. A l’intérieur se trouvent des protéines liées à une chaîne d’ARN de 30.000 bases avec une nucléocapside qui contient les gènes du virus. Ce sont les spicules de protéines et glycoprotéines en forme de massues sortant de l'enveloppe qui se fixent aux récepteurs des cellules cibles attaquées.
"L'animal à l'origine du coronavirus n'a en réalité pas encore été identifié même si les chauves-souris pourraient aussi avoir joué un rôle. Le coronavirus à la base de la pandémie s'est adapté à l'environnement humain, ce qui explique qu'il a évolué. Les origines du virus sont à retrouver dans deux facteurs. Le premier, est la mutation qui s'est opérée dans un organisme animal. Le deuxième est sa transmission vers l'humain." - OMS
